GentooからMySQL5.5がStableになったし5.1はmaskするよ、というお知らせが来ていました
epgrecとMediatombで使っているのですが5.5でも問題なさそうなのでアップデートしました

1. MySQLの停止

   # /etc/init.d/mysql stop
   

2. emergeを使用してアップデート

   # emerge -uav mysql
   # etc-update
   

3. InnoDBが有効になっているとepgrecが遅くなるみたいなので設定を変更する *
   /etc/mysql/my.cnf に以下の二行を追加

   skip-innodb
   default-storage-engine=MyISAM
   

4. 関連パッケージの更新

   # emerge @preserved-rebuild -a
   # revdep-rebuild --library libmysqlclient.so.16
   # revdep-rebuild --library libmysqlclient_r.so.16
   

5. MySQLを再起動
   再起動すると /var/log/mysql/mysqld.err に以下のようなエラーが出力されて
   mysql_upgrade を実行するように指示されます ...

more ...